Wskazano na wyższość enzymatycznego trawienia chromatyny, w porównaniu z sonikacją, jako że:
– trawienie enzymatyczne jest łagodniejsze niż sonikacja, a co za tym idzie lepiej zachowuje integralność chromatyny i epitopów dla przeciwciał, co w następstwie znacznie zwiększa efektywność immunoprecypitacji;

– wzrost wydajności immunoprecypitacji białek docelowych przekłada się na wzrost detekcji wiązań typu białko-DNA;

– wzrost wykrywalności docelowych loci DNA przekłada się na mniejsze ilości chromatyny, która musi zostać zużyta do badań, a co za tym idzie zmniejsza się zużycie odczynników i skróceniu ulega czas niezbędny do przeprowadzenia eksperymentu;

– trawienie enzymatyczne pozwala na zachowanie większej specyficzności substratowej (z zachowaniem mniejszego tła), co jest istotne w badaniach DNA wiążącego się z czynnikami transkrypcyjnymi i kofaktorami.